Históricamente el Lazareto de Mahón ha dependido del Ministerio de Sanidad, gestión que el 1 de abril de 2015 pasó a manos del Consell de Menorca.

En 1919 el Lazareto de Mahón recibió al último barco en cuarentena. Desde ese momento la isla dejó de usarse para fines sanitarios y pasó a ser un lugar vacacional para niños. A partir 1967 la isla pasó a usarse durante los meses de verano como lugar de residencia para trabajadores del Ministerio de Sanidad y como sede de congresos sanitarios nacionales e internacionales. Uso únicamente estival ya que los meses de invierno el acceso a la isla es complicado por las adversas condiciones climatológicas. En 1993 fue declarado bien de interés cultural.

El control de la isla por parte del Gobierno español y su uso ha originado a lo largo de los años quejas por parte de los menorquines que han reclamado el control por parte del Gobierno insular. Muchos han sido los intentos de traspaso realizados a lo largo de los años sin que se consiguiera llegar a un acuerdo, el Gobierno insular reconocía que no podía hacer frente al coste de mantenimiento de la isla y que no podía hacerse cargo de sus instalaciones sin tener claro un uso. Se intentó incluso que fueran explotadas por Paradores Nacionales, órgano que rechazó el proyecto por su elevado coste.

En marzo de 2011 el Ministerio de Sanidad, Política Social e Igualdad firmó un acuerdo con el Consejo Insular de Menorca por el cual las instalaciones estarían abiertas al público durante la temporada turística. El verano de 2011 fue el último en el que el Lazareto de Mahón se usó como residencia.

El 28 de julio de 2014 se confirmó el traspaso de la gestión de la isla por parte del Ministerio de Sanidad al Gobierno balear anunciando que tendrá un “uso turístico, cultural, sanitario y educativo”. El 30 de julio el acuerdo fue formalizado en el seno del Pleno de la Comisión Mixta de Transferencias. El Consejo de Ministros aprobó el 1 de agosto del mismo año el real decreto que traspasa la titularidad del inmueble a la Comunidad Autónoma. 

Finalmente, el 20 de marzo de 2015 se aprobó el proyecto de decreto que traspasa al Consejo Insular de Menorca las funciones y servicios de la comunidad autónoma sobre la promoción turística del Lazareto de Mahón, decretó que entrará en vigor el 1 de abril para su efectividad. El acuerdo de traspaso de la isla incluye un inmueble con una superficie construida de 9.903 metros cuadrados sobre una parcela de 65.832 metros cuadrados.

Desde el 1 de abril de 2015 la promoción turística del Lazareto de Mahón pertenece al Consejo Insular de Menorca. Se quiere repetir el modelo de explotación público-privado que actualmente se mantiene en La Mola. Hasta el verano de 2017 no se dio ningún uso a las instalaciones del Lazareto de Mahón, más allá de las visitas estivales y la tradicional Escuela de Salud Pública Menorca.